De acuerdo con su Reglamento, la CAU posee los siguientes órganos de coordinación: Pleno, Coordinador, Comité Ejecutivo y Secretario Ejecutivo. Además, una de las competencias del Pleno es la creación de grupos de trabajo.
Pleno
El Pleno está constituido por los técnicos de archivo de las Universidades españolas. Se reúne anualmente en el marco de las Jornadas de Archivos Universitarios con el fin de planificar todo lo relacionado con la organización, funcionamiento y actividades de la CAU y efectuar el seguimiento y control de sus objetivos. A él se somete el informe de actividades de la Conferencia y los correspondientes de los grupos de trabajo, y es competencia suya la elección de los miembros del Comité Ejecutivo.
Coordinador
El Coordinador es designado por la Comisión Sectorial de Secretarios Generales de Crue Universidades de entre sus miembros. Actualmente, desempeña esta función Don Julio Agustín Pérez Gil , secretario general de la Universidad de Burgos.
Comité Ejecutivo
El Comité Ejecutivo está compuesto por cinco vocales, elegidos por el Pleno entre los directores o responsables de archivos universitarios que se presenten como candidatos y por el Coordinador. A los vocales corresponden las funciones principales de programación y desarrollo de las propuestas del Pleno, así como la coordinación del funcionamiento y las actividades de la CAU en los períodos entre Jornadas.
Actualmente está compuesto por:
- Julio Agustín Pérez Gil, coordinador(Universidad de Burgos)
- Pilar González Maeso, secretaria ejecutiva (Universidad de Burgos)
- Soledad Caballero Rey, vocal (Universidad de Sevilla)
- Desirée Domínguez Pallas, vocal (Universidade de Santiago de Compostela)
- Marco Pérez Ruiz, vocal (Universidad de Cantabria)
- Diego José Ruiz Moreno (Universidad de Murcia)
Secretario ejecutivo
El Secretario Ejecutivo es designado por el Comité Ejecutivo entre los vocales elegidos por el Pleno; en la actualidad la secretaria ejecutiva es Pilar González Maeso (Universidad de Burgos).