De acuerdo con su Reglamento, la CAU posee los siguientes órganos de coordinación: Pleno, Coordinador, Comité Ejecutivo y Secretario Ejecutivo. Además, una de las competencias del Pleno es la creación de grupos de trabajo.
Pleno
El Pleno está constituido por los técnicos de archivo de las Universidades españolas. Se reúne anualmente en el marco de las Jornadas de Archivos Universitarios con el fin de planificar todo lo relacionado con la organización, funcionamiento y actividades de la CAU y efectuar el seguimiento y control de sus objetivos. A él se somete el informe de actividades de la Conferencia y los correspondientes de los grupos de trabajo, y es competencia suya la elección de los miembros del Comité Ejecutivo.
Coordinador
El Coordinador es designado por la Comisión Sectorial de Secretarios Generales de Crue Universidades de entre sus miembros. Actualmente, desempeña esta función Helena Villajero Galende, secretaria general de la Universidad de Valladolid.
Comité Ejecutivo
El Comité Ejecutivo está compuesto por cuatro vocales, elegidos por el Pleno entre los directores o responsables de archivos universitarios que se presenten como candidatos y por el Coordinador. A los vocales les corresponden las funciones principales de programación y desarrollo de las propuestas del Pleno, así como la coordinación del funcionamiento y las actividades de la CAU en los períodos entre Jornadas.
Actualmente está compuesto por:
- Helena Villajero Galende, coordinadora (Universidad de Valladolid)
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Emilio Rosillo Clement (Universitat d’Alacant)
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Lidón París Folch (Universitat Jaume I)
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Mª José Martínez Gómez (Universidad Miguel Hernández de Elche)
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Ana Gascón (Universidad de Zaragoza)
El Secretario Ejecutivo es designado por el Comité Ejecutivo entre los vocales elegidos por el Pleno; en la actualidad, la secretaria ejecutiva es Emilio Rosillo Clement (Universitat d’Alacant).